PG模拟器在运行过程中会产生缓存文件、游戏数据包和用户配置等数据。这些数据默认存储在系统指定目录，用户可通过设置中心的“存储管理”功能查看详细占用情况。页面以饼图形式展示各类数据的占比，并列出每个游戏分别占用的空间。用户可针对单个游戏或全选进行清理操作。
存储管理提供了智能清理和手动清理两种模式。智能清理会扫描并删除一次性缓存、过期游戏包以及临时文件，通常可释放30%至50%的占用空间。手动清理则允许用户自主选择要保留或删除的数据。对于需要保留试玩记录的用户，可勾选“保留配置和记录”选项，仅清理可重建的缓存内容。
建议用户每月至少执行一次存储管理，避免数据堆积影响系统响应速度。平台还提供了空间预警功能，当剩余空间低于500MB时会主动提醒。用户也可设置自动清理计划，例如每周日凌晨三点自动执行智能清理。所有清理操作均有撤销机制，误删的数据可在24小时内通过回收站恢复。